Οι εκτιμήσεις όλων των αρχαιολόγων, που έχουν ασχοληθεί με το θέμα αυτό, κατατείνουν στο ότι η Ιερά Μονή της Παναγίας της Σπηλιανής στη Νίσυρο, κτίστηκε τον 14ο αιώνα και μάλιστα εκτιμούν, ότι είναι πολύ πιθανόν στον ίδιο χώρο να προϋπήρχε παλαιότερος ναός.
Αναλυτικά οι απόψεις των επιστημόνων παρατίθενται κατωτέρω. Με βάση αυτή την επιστημονική θέση, η Ιερά Μητρόπολη Ρόδου, στην οποία τότε υπήγετο η Νίσυρος, προσεκάλεσε, κατόπιν αιτήματος των Νισυρίων, την Α.Θ.Π. τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ. κ. Βαρθολομαίο να επισκεφθεί τη Νίσυρο για να λαμπρύνει με την παρουσία του τις εορταστικές εκδηλώσεις για την επέτειο των 600 χρόνων από την ίδρυση της Μονής.
Πράγματι, ο Οικουμενικός Πατριάρχης επεσκέφθη τη Νίσυρο και συμμετείχε στις ποικίλες εκδηλώσεις από 4 έως και 6 Αυγούστου του 2001. Εις ανάμνηση αυτής της πρώτης επισκέψεως Πατριάρχου στο νησί, έχει εντοιχισθεί από την Ι. Μητρόπολη Ρόδου η ειδική μαρμάρινη πλάκα στην είσοδο του κτηριακού συγκροτήματος της Μονής. (φωτογραφία παρατίθεται κατωτέρω). Επιστημονικές απόψεις:
1. «Είναι σχεδόν βέβαιο ότι το σπουδαιότερο προσκύνημα της Νισύρου, το σπηλαιώδες εκκλησάκι της Παναγίας της Σπηλιανής στο εσωτερικό του κάστρου του Μανδρακίου υπήρχε κατά την ιπποτοκρατία. Ενισχυτικό στοιχείο αυτής της υπόθεσης είναι η πρόσφατη αποκάλυψη της ημίσωμης μορφής του Αγ. Νικολάου, στην οπίσθια επιφάνεια της λατρευτικής φορητής εικόνας της Παναγίας της Σπηλιανής, που χρονολογείται στο τέλος του 18ου ή στις αρχές του 19ου αι. Η νεοαποκαλυφθείσα μορφή του Αγ. Νικολάου είναι έργο εξαίρετου ζωγράφου και έχει φιλοτεχνηθεί στα τέλη του 14ου ή στις αρχές του 15ου αι. Στην είσοδο της εκκλησίας είναι εντοιχισμένα τμήματα μαρμαρίνου τέμπλου του τέλους του 11ου αι. που μεταθέτουν πιθανώς τη λατρεία σ’ αυτόν το χώρο στην μεσοβυζαντινή περίοδο». (Ηλία Ε. Κόλλια, Επιτίμου Εφόρου των Αρχαιοτήτων, «Ιπποτοκρατία-Τουρκοκρατία» ένθετο ΚΑΘΗΜΕΡΙΝΗΣ «Επτά Ημέρες», 22-7-2001).
2. «Στην είσοδο του καθολικού της μονής της Παναγίας της Σπηλιανής, είναι εντοιχισμένα τμήματα μαρμάρινου μεσοβυζαντινού τέμπλου που κοσμούνται με γεωμετρικά και φυτικά μοτίβα, όπως ρόδακες, σηρικούς τροχούς, συνεχή τοξύλλια που περικλείουν ακανθοειδή ανθέμια και έξεργα κομβία που παρεμβάλλονται. Τα θέματα αυτά είναι κοινότατα στα τέμπλα του 10ου και 11ου αι. -στα τέλη του οποίου θα πρέπει να χρονολογηθεί αυτό της Νισύρου- τόσο στην κυρίως Ελλάδα, όσο και στη Μικρά Ασία και στα νησιά. Η προσαρμογή των μαρμάρινων αυτών τμημάτων στη σημερινή τους θέση έγινε με γνώση και επιμέλεια, πράγμα που κατά τη γνώμη μας δεν ευνοεί την υπόθεση της μεταφοράς τους από πολύ μακρύτερα. Το γεγονός αυτό, σε συνδυασμό με τις κατά προσέγγιση διαστάσεις του (περίπου έξι μέτρα), μας οδηγεί στο συμπέρασμα ότι το τέμπλο πιθανόν να προέρχεται από παλαιότερη οικοδομική φάση του καθολικού της Σπηλιανής…». (Αγγ. Κατσιώτη, Ελ. Παπαβασιλείου Αρχαιολόγοι, «Παλαιοχριστιανική και βυζαντινή Νίσυρος», στο ανωτέρω ένθετο της ΚΑΘΗΜΕΡΙΝΗΣ).
3. «Η μονή της Παναγίας της Σπηλιανής, ...είναι αδιευκρίνιστο αν είναι παλαιότερη του τέλους του 14ου ή των αρχών του 15ου αιώνα, οπότε, σύμφωνα με την παράδοση, βρέθηκε το παλλάδιο της μονής, η εικόνα της Παναγίας, χάριν της οποίας κτίστηκε το μοναστήρι μέσα στο ιπποτικό κάστρο. Δεν υπάρχει λόγος να αμφισβητηθεί ο πυρήνας της παράδοσης αυτής, που αποτελεί πιθανότατα τη συνέχεια κάποιας ιστορικής μνήμης, τη στιγμή μάλιστα που –πράγματι- η εξαίρετη αμφίγραπτη εικόνα της δεξιοκρατούσας Παναγίας/Αγίου Νικολάου χρονολογείται γύρω στο 1400. Παραμένει όμως αδιευκρίνιστο αν το υπάρχον καθολικό κτίστηκε στη θέση παλαιοτέρου ναού, από τον οποίο πιθανόν να προήλθαν τα τμήματα του τέμπλου ή αν αυτά προήλθαν από κάποια άλλη εκκλησία στην ευρύτερη περιφέρεια του Μανδρακίου... Αντιμετωπίζουμε με σκεπτικισμό την περίπτωση να μεταφέρθηκαν τα τμήματα αυτά από άλλη εκκλησία...Πιθανολογούμε λοιπόν μία οικοδομική φάση της εκκλησίας πριν από τα τέλη του 14ου αιώνα, εποχή, που σύμφωνα με την παράδοση, ιδρύθηκε η μονή μέσα στο ιπποτικό κάστρο». ( Αγγελική Κατσιώτη, Ελένη Παπαβασιλείου Αρχαιολόγοι, «Μεσοβυζαντινή γλυπτική στη Λέρο και στη Νίσυρο». Δελτίον της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας τόμος ΚΓ΄2002).
4. Με το ίδιο σκεπτικό, η ιδία αρχαιολόγος, Αγγελική Κατσιώτη, καταλήγει στο ίδιο συμπέρασμα ως προς την χρονολογία κτίσεως της μονής και στο πόνημά της «Αμφίγραπτη Παλαιολόγεια εικόνα στη Νίσυρο», Δελτίον της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας τόμος ΚΕ΄2004 σελ. από 63 έως 75. Η ανωτέρω επιστήμων, «συνοψίζει τα συμπεράσματά της ως εξής: Η αμφίγραπτη εικόνα της Σπηλιανής Νισύρου, το παλλάδιο της μονής, με θέμα την Παναγία δεξιοκρατούσα οδηγήτρια και τον άγιο Νικόλαο, μπορεί να χρονολογηθεί στο τελευταίο τέταρτο του 14ου αιώνα. Η έλευση της εικόνας στο νησί συνδέεται, σύμφωνα με την παράδοση, με την ίδρυση της μονής της Σπηλιανής, αλλά δεν αποκλείεται να σχετίζεται με εκτεταμένη ανακαίνισή της. Η εικόνα πιθανώς υπήρξε δωρεά προς τους κατοίκους-υποτελείς του νησιού από τον τότε πανίσχυρο ενοικιαστή της Νισύρου ροδίτη άρχοντα Δραγονίνο Κλαβέλλη, ο οποίος λίγα χρόνια νωρίτερα ίσως παρήγγειλε από την Κωνσταντινούπολη την αμφίγραπτη εικόνα του ναού των Εισοδίων (σήμερα στο παλάτι του Μεγάλου Μαγίστρου στη Ρόδο) με το ίδιο, σχετικά σπάνιο θέμα, για το ιδιωτικό του παρεκκλήσι στη μεσαιωνική πόλη της Ρόδου, αφιερωμένο στον άγιο Νικόλαο…».
5. «Μετά την επικράτηση του Χριστιανισμού στην περιοχή,..το παλαιό φυσικό σπήλαιο διαμορφώθηκε σε χριστιανικό ναό της Παναγίας, όπως μαρτυρείται, μεταξύ άλλων και από την ύπαρξη μαρμαρίνων αρχιτεκτονικών μελών, των παλαιοχριστιανικών χρόνων. Περί τα τέλη του 11ου ή τις αρχές του 12ου αι. ο ναός αυτός ανακαινίστηκε. Σχηματίσθησαν δύο κλίτη...Τότε κατασκευάσθηκε μαρμάρινο τέμπλο, με περίτεχνο ανάγλυφο διάκοσμο, το οποίο ετοποθετήθη στο κλίτος της Παναγίας. Τούτο παρέμεινε στη θέση αυτή μέχρι το έτος 1725, οπότε αντικαταστάθηκε από το και σήμερα διατηρούμενο αρίστης ποιότητας ξυλόγλυπτο τέμπλο, ενώ το παλαιό μαρμάρινο τοποθετήθηκε μεταξύ του κυρίως ναού και του νάρθηκα του καθολικού. Κατά το 1400 ιδρύθηκε στη θέση αυτή η Ιερά Μονή της Παναγίας της Σπηλιανής, ως Καθολικό της οποίας εχρησίμευσε ο προϋπάρχων ναός της Παναγίας». (Ομιλία του Δρος Ιωάν. Βολανάκη, Αρχαιολόγου, Διευθυντού της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ηρακλείου Κρήτης, ενώπιον της Α.Θ.Π. του Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου κατά την επίσκεψή του στη Νίσυρο τον Αύγουστο του 2001).
6. «Οι μέχρι σήμερα λοιπόν δημοσιευθείσες πληροφορίες, μάς οδηγούν στο συμπέρασμα ότι η Μονή Παναγίας Σπηλιανής είναι κτίσμα του 14ου αιώνα. Το μέχρι τώρα σκεπτικό και τα επιχειρήματα τα οποία μας οδηγούν στο συμπέρασμα αυτό είναι γνωστά και δεν χρειάζεται να τα επαναλάβουμε. Νέο στοιχείο έρχεται τώρα να επιβεβαιώσει τις εκπεφρασμένες απόψεις μας. Ο Μ. Γεδεών (Μέγας Χαρτοφύλαξ και χρονογράφος) στο άρθρο του «Παλαιά ακμή της Νισύρου» στην εφημερίδα «Φωνή της Δωδεκανήσου», αναφέρει τα εξής: «...Προηγουμένως όμως αναγράφεται τη 27 Ιουλίου 1674. Εκ ταξιδιωτικού καταστίχου καλογήρων αγιοταφιτών, γραφέντος από των μέσων σχεδόν της ΙΖ΄ εκατονταετηρίδος, μέχρι των αρχών του ΙΗ΄ εκλέγω όσα ηδυνήθην να κρίνω χρήσιμα διά το παρελθόν της νήσου Νισύρου... είχε λοιπόν Μονήν ανδρείαν η Νίσυρος προ πενήντα και διακοσίων ετών είχε και ερημητήριον ...» Εάν λοιπόν από την χρονολογίαν 1674 αφαιρέσουμε τα 250 έτη που αναφέρονται στο κατάστιχο, τότε φθάνουμε στα 1424. Αυτό αποδεικνύει ότι η Ιερά Μονή της Παναγίας της Σπηλιανής προϋπήρχε του 1424 και διευκρινίζεται εδώ ότι η παρατήρησή μας στην εργασία μας «Τα Μετέωρα της Δωδεκανήσου» ότι σε έγγραφο του 1600 βρίσκουμε σφραγίδα της Μονής, ουδόλως αναφέρεται στο χρόνο έναρξης της ζωής του κτίσματος αυτού». (Σταύρος Κέντρης, Λυκειάρχης-Θεολόγος, εμβριθής μελετητής των εκκλησιαστικών αρχείων που έχουν σχέση με τη Νίσυρο, σε άρθρο του στην εφημερίδα ΝΙΣΥΡΙΑΚΑ ΝΕΑ.)
7. Τελευταία, προβάλλεται από μη ειδικούς, το αίολο επιχείρημα, ότι, επειδή σε κάποιο παλαιό έγγραφο, (ως ανωτέρω σχόλιο του Σ. Κέντρη), λέγεται ότι υπήρχε σφραγίδα με την ένδειξη «Ι. Μονή Παναγίας Σπηλιανής 1600», αυτό οδηγεί στο συμπέρασμα ότι η μονή «κτίστηκε» το έτος εκείνο. Το αβάσιμο και αντιεπιστημονικό του ισχυρισμού είναι τόσο οφθαλμοφανές ώστε να μην χρειάζεται επιχειρηματολογία για την αντίκρουσή του. Αρκεί μόνο η παράθεση τριών εγγράφων (από το αρχείο της Παναγίας Σπηλιανής), με σφραγίδες, Μητροπόλεως Ρόδου 1910, άλλο έγγραφο πάλι Μητροπόλεως Ρόδου 1913 και τρίτο, Μητροπόλεως Κώ 1900. Θα ήταν αστείο να υποστηρίξει κάποιος ότι η Μητρόπολη Ρόδου ιδρύθηκε το 1910 ή 1913 και η Μητρόπολη Κω το 1900 επειδή αυτό αναγράφεται στις σφραγίδες των εγγράφων.
8. Τέλος, εξ όσων γνωρίζουμε και παρά την σχετική έρευνα που διενεργήσαμε, δεν υφίσταται αντίθετη προς την ανωτέρω διατυπωθείσα άποψη, ως προϊόν ειδικής επιστημονική μελέτης.
